Gugus Mutu di UIN A. M. Sangadji Ambon terdiri dari dua yaitu: Gugus Mutu Fakultas yang bertanggung jawab kepada Dekan dan Gugus Mutu Program Pascasarjana yang bertanggung jawab kepada Direktur Program Pascasarjana, dalam hal pengendalian standar dan penjaminan mutu Institusi Fakultas/Pascasarjana. Adapun tugas dan tanggung jawabnya adalah sebagai berikut:
- Untuk mengembangkan penjaminan mutu fakultas/ pascasarjana
- Untuk melakukan sosialisasi penjaminan mutu di jurusan/ program studi.
- Untuk memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan penjaminan mutu
- Untuk melakukan konsultasi dan pendampingan pelaksanaan penjaminan mutu
Dalam melakukan tugasnya, Gugus Mutu Fakultas dan Gugus Mutu Program Pascasarjana dikoordinir oleh Lembaga Penjaminan Mutu UIN A. M. Sangadji Ambon.
| Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam | SK Rektor No. 179 Tahun 2025 |
| Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan | SK Rektor No. 92 Tahun 2025 |
| Fakultas Syariah | SK Dekan No. 19 Tahun 2025 |
| Fakultas Ushuluddin dan Dakwah | SK Dekan No. 106 Tahun 2025 |
| Program Pascasarjana |